ബഹു. ഉന്നത വിദ്യാഭ്യാസ മന്ത്രി അധ്യക്ഷനായ ഭരണസമിതി (ഗവേണിംഗ് ബോഡി) ക്കാണ് സെൻററിൻ്റെ ഭരണ നിർവ്വഹണ ചുമതല. സെൻററിൻ്റെ ദൈനംദിന കാര്യങ്ങൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നത് ഉന്നത വിദ്യാഭ്യാസ വകുപ്പ് പ്രിൻസിപ്പൽ സെക്രട്ടറി അധ്യക്ഷയായ പ്രവർത്തക സമിതി (എക്സിക്യൂട്ടീവ് കമ്മിറ്റി) ആണ്.